A gazdasági válság következtében visszaesett fuvarmegbízások, továbbá a szolgáltatói díjak többszöri drasztikus emelkedése miatt azonban 2009-ben több, mint nyolc milliárd forintos veszteséget szenvedett. A vállalat működését, finanszírozását tulajdonosa, az osztrák Rail Cargo Austria teszi lehetővé. Az RCA a privatizációs szerződésben vállalt kötelezettségeinek eleget téve milliárdos beruházásokat hajtott végre például a magyar leányvállalat mozdonyainak beszerzésében, a kocsi felújítási program végrehajtásában, az európai igények alapján fejlesztett, a működést hatékonyan támogató informatikai rendszer kiépítésében, a folyamatok optimalizálásában. A tulajdonos intézkedései változatlan szabályozási környezetben 2012-re megteremtették volna a pénzügyi egyensúlyt.
2008 óta azonban a külső működési feltételek folyamatosan romlottak. A Rail Cargo Hungaria legfőbb költségtényezői, a pályahasználati és a tolatási díjak többször és jelentős mértékben emelkedtek. Tovább ront a helyzeten, hogy az előző kormány tavalyi év végi intézkedésével módosította a Hálózati Üzemeltetési Szabályzatot (HÜSZ), amely a kiszolgáló tolatási tevékenységet kizárta az állami támogatásból, ezért annak díját a MÁV 2011. januári hatállyal lényegesen megnövelte.
A díjemelés éves szinten 6,5 milliárd forint többlet kiadást jelent a Rail Cargo Hungaria számára. Ez a változás a többi között elkerülhetetlenné teszi fuvardíjak emelését, amely a vállalat ügyfelei közül sokakat a közúti megoldás választására kényszeríthet. Ennek következtében a Rail Cargo Hungaria várhatóan kevesebb alkalommal veszi majd igénybe a vasúti pályát, lényegesen kevesebb tolatási és más kiegészítő szolgáltatást rendel a MÁV-tól, így mind a MÁV, mind közvetve az állam pályahasználatból és vasúti szolgáltatásokból származó bevételei drasztikus mértékben csökkennének, illetve jelentős mértékben romlana az országos területi lefedettség is.
A Rail Cargo Hungaria több alkalommal hivatalos formában felhívta a figyelmet a fenti folyamatból fakadó, nem csupán a vállalatot, hanem számos egyéb szervezetet és a várhatóan megnövekvő kamionforgalom által érintett környezetet érintő súlyos veszélyekre, de felvetései eddig válasz nélkül maradtak.
Nincs olyan tulajdonos, amely a végtelenségig hajlandó fedezni leányvállalata költségeit. Az ÖBB szeptember 10-i bécsi sajtótájékoztatóján elhangzott, hogy mivel a magyar kormány, a HÜSZ alakításával a Rail Cargo Hungaria gazdasági keretfeltételeit jelentősen megváltoztatta, a helyzet további fennállása esetén az ÖBB-nek nem marad más választása, mint hogy előkészítse magyar leányvállalata jelentős átalakítását. Azonban arról, hogy ez milyen konkrét változtatásokat hoz magával, még nem született döntés. Tárgyalásokat folytatunk a MÁV-val és az illetékes minisztériummal a megoldásokról. A Rail Cargo Hungaria a helyzet megnyugtató megoldásában bízik. A vállalat folytatja átfogó korszerűsítési programját és az átalakítás mértékét a tárgyalások sikerétől teszi függővé.