A GKM-hez számos költségvetési intézmény tartozik, valamint számos, a gazdasági és közlekedési miniszter által alapított gazdasági társaság működik. A közlekedési ágazathoz tartozó társaságok szakmai felügyeletét a közlekedési helyettes államtitkár, Horváth Zsolt Csaba és szakterülete látja el.

 

Az előbbiekre példa a Közlekedési Múzeum, az utóbbiak közé tartozik többek között a Nemzeti Autópálya Zrt, és az Állami Autópálya Kezelő Zrt. Az országos úthálózat működtetésben, fenntartásban és fejlesztésében közreműködő társaságok átalakításával, a megyei közútkezelő kht-k összevonásával 2005. folyamán a GKM létrehozta a Magyar Közút Kht-t. Megalakításával a cél az volt, hogy a közúti szervezetekben létezett párhuzamosságok megszűnjenek, a célszerű munkamegosztást biztosítva legyen és az Állam megrendelő pozíciója megerősödjön. Ezen intézkedések eredményei a következő évek során realizálódhatnak.

A közlekedési szakterület - az európai közösségben érvényes általános közlekedéspolitikai elveknek és jogszabályoknak megfelelően - rendezte a MÁV helyét, szerepét a vasúti szállítási piacon, amelyen az uniós csatlakozást követően új szereplők jelentek és jelennek meg.
Ezzel összhangban - a közlekedési szakterület által a vasúti stratégiában megfogalmazott feladatnak megfelelően - az árufuvarozó vasút, mint önálló jogi személyiségű szervezet levált a MÁV-tól, az árufuvarozás teljesen piaci tevékenységgé vált azzal, hogy 2006. januárjától létrejött a 100%-ban MÁV tulajdonú MÁV Cargo Zrt. Az önálló társaságban fog megmutatkozni a szervezet igaz piaci értéke, versenyképessége, eredményessége. 2006-ban tervezettek az előkészületek a személyszállítás és gépészeti üzletágak önállóvá válására. A lakosság mobilitási indexének növekedésével egyre fontosabb szerepet kell, hogy kapjon a közösségi közlekedés, az egyes települések közti utazások során a vasúti személyszállítás.