A Gazdasági és Közlekedési Minisztérium a közlekedésfejlesztési tervben az európai színvonalhoz felzárkózó vasúti közlekedést tűzte ki célul. Az új vasúti stratégia és az új vasúti törvény megteremtette a vasúti közlekedés liberalizációját. A fejlesztési irányok ez alapján új vágányokra terelődtek. A fejlesztési igények természetesen eltérhetnek a személy- és az áruszállítás tekintetében.

A személyforgalom (s annak különösen az elővárosi szegmense) korszerű, jó városi közlekedési kapcsolatokkal rendelkező fejpályaudvarokat igényel és emellett olyan vasúti megállóhelyeket és állomásokat, amelyek megközelítési és átszállási kapcsolatai a városi tömegközlekedési járatokkal legalább megfelelő színvonalúak, de inkább kiválóak. Mindezek indokolják az elővárosi és az ezekhez közeli szakaszokon a jelentősen nagyobb vonali kapacitást. Az áruforgalom számára a teljes hálózaton elérhető átjutási sebesség, az áruforgalmi / logisztikai központok elérhetősége a meghatározó.
A kötött pályás közlekedés nemcsak a vasút, de a városi közlekedés szempontjából is kiemelt jelentőségű.

Metró Jármű Szabályzat: A közlekedési rendszerek fejlődése szükségessé tette, hogy a GKM közlekedési szakterülete a metró járművekre új, részletes, speciális szabályozást vezetessen be, amely tartalmában szükségszerűen eltér az egyéb helyi közforgalmú vasúti járművekre vonatkozó előírásoktól. Különösen időszerűvé tette mindezt a fővárosi metróhálózat tervezett és folyamatban lévő fejlesztése, felújítása.

Térségi vasúti rendszer: a kormány még 2004-ben határozott a mellékvonali közlekedés korszerűsítése érdekében két kísérleti, ún. térségi vasúti szervezet létrehozásáról Balassagyarmat és Vésztő körzetében. A kísérleti térségi vasúti szervezetek létrehozásával kívánja elősegíteni az állam, az önkormányzatok, a vasúttársaság és az egyéb érdekeltek felkészülését, hogy tapasztalatokat szerezzenek a mellékvonali rendszer új feltételeknek megfelelő működtetéséhez.

Ferihegyi gyorsvasút: Ferihegy és a főváros közti akut közlekedési problémára jelent megoldást a ferihegyi gyorsvasút, melynek előkészítésében vasútszakmai oldalról a GKM közlekedési szakterülete folyamatosan részt vesz.

Vasúti interoperabilitás: a vasúti liberalizáció megjelenésével és kiterjedésével fontos szerepet kapott az egyes országok vasútjai közti átjárhatóság. Az átjárhatóság műszaki és kereskedelmi feltételeinek megteremtése érdekében a GKM Vasúti Közlekedési Főosztálya koordinálja az uniós kötelezettségekből eredő, a vasúttársaságok, közlekedési felügyeletek, VPE Kft. bevonásával végzett feladatok megoldását.

Vasúti pálya használata: a GKM koordinációs tevékenységet végez a magyarországi vasutak infrastruktúrájának használatához kapcsolódó konfliktusok feloldásánál. A vasúti liberalizáció megteremtette a piacra lépés feltételeit a magánvasutak részére. Júliusban a még hatályos jogi keretek között a GKM Vasúti Közlekedési Főosztályának kezdeményezésére és koordinálásával egy előre mutató megállapodás született a magánvasutak és az állami vasúttársaság között a zavartalan, a vasúti infrastruktúrához való egyenlő esélyű hozzáférés biztosítása érdekében.

Hálózati Üzletszabályzat: A vasúttársaságok konszenzusával a GKM Vasúti Közlekedési Főosztálya megalkotta a 2006. évre vonatkozó hálózati üzletszabályzatot, mely a működés és a költségek felmerülésének transzparenciáját hozza magával.

Távközlő- és biztosítóberendezések: a közlekedésbiztonság fokozása érdekében 2005-ben 7 vasúti átjáróban létesült új biztosítóberendezés, és 31 helyen egészítettek ki fénysorompót félsorompóval. Ezen munkálatok eredményeképp tovább csökkenhet a vasút és közút kereszteződéseiben történő, többnyire komoly következményekkel járó balesetek száma.